Драматичната квалификация за Гран При на Индианаполис, изпълнена с тежки катастрофи спечели пилотът на Repsol Honda Дани Педроса. След него се наредиха Хорхе Лоренсо и Андреа Довициозо.
Педроса завъртя най-бързата обиколка, правена досега с мотоциклет на пистата – 1:38,813 и изпревари с една десета Хорхе Лоренсо (Yamaha Factory Racing), който най-после успя да настрои своя мотоциклет в предишните сесии. Андреа Довициозо (Monster Yamaha Tech 3) допълни първа редица със своята машина от сателитния тим. Четвърти и първи от втора редица бе съотборникът на Лоренсо Бен Спийс, който обаче катастрофира при една от бързите си обиколки. Много доволен остана и Щефан Брадъл (LCR Honda MotoGP), който свърши прекрасна работа за тима си и зае петото място. Шести остана другият пилот на Repsol Honda Кейси Стонър, който направи хайсайд в началото на сесията и заради него на пистата бе показан червен флаг. Има съмнения, че Стонър е с разкъсано сухожилие в десния глезен. Той бе закаран в методистката болница в Индианаполис, за да бъде установено дали ще е в състояние да кара на състезанието.
Седми стана Кал Кръчлоу (Monster Yamaha Tech 3), който не достигна времето на съотборника си, но трябва да е доволен, след като направи две падания. Ники Хейдън (Ducati Team), бе изхвърлен от мотоциклета си на същия завой – 13-и, където си изпатиха Стонър и Спийс. Това стана в последната част на сесията, като Ники за кратко загуби съзнание, докато получи медицинска помощ. И той се отърва без контузии, но също бе закаран в болница за допълнителен преглед. Той зае осмо място на старта. Трета редица се оглавява от Алваро Баутиста (San Carlo Honda Gresini), а 9-и е пилотът на Power Electronics Aspar Ранди де Пюние, който бе и най-бърз от пилотите със CRT мотоциклети. Валентино Роси с Ducati, който също имаше проблем на 13-ия завой и това го отказа от нова бърза обиколка.
Ефективна атака направиха Стийв Рап (Attack Performance) и Арон Йейтс (GPTech), двамата с уайлдкард и машини CRT. Те заеха съответно 22-о и 23-о място. Хектор Барбера (Pramac Racing Team), който бе заменен от Тони Елиас, след като счупи три прешлена на гръбнака си, бе откаран в Барселона за допълнителен преглед и лечение.
